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當時，教育部長潘文忠回應，根據私校法規定，若半年內未選出新校長，教育部可要求學校於3個月限期內改善，並依法遴派代理校長到大葉大學，目前正在徵詢人選。
但教育部昨天發出公文，核定方文昌擔任大葉大學校長，直到2026年7月30日為止，形同打臉潘文忠說法。
全國私校工會副理事長尤榮輝今天批評，大葉大學校長遲遲無法選出新校長，遴選過程充滿爭議，尤其董事會決定的人選曾涉入辦理掠奪性刊物及研討會，品格操守頗有疑慮，再加上部長違反承諾，核定讓學術操守有瑕疵的人選擔任校長，此舉令人感到遺憾，恐怕加劇校內紛爭，讓大葉大學發展出現隱憂。
對此，教育部解釋，大葉大學先前因校長出缺，未能依私校法第42條規定於6個月內完成遴聘，經該部依法命其於3個月內完成遴聘卻仍未改善，教育部爰於112年9月1日函知該大葉董事會，將依法辦理指派代理校長作業，並旋即進行相關指派作業。
而與此同時，大葉大學董事會仍持續依私校法及該校校長遴選辦法進行遴選新任校長作業中，並於9月22日函報聘任方文昌校長案到部，經教育部檢核函請該法人釐明回覆外界反映的疑義後，教育部於11月8日核定大葉大學校長聘任案。另因該校已依法遴聘校長，教育部爰同步中止指派代理校長作業。
針對新任校長人選爭議，教育部表示，方文昌原任大葉董事是否能參與校長遴選乙節，依私校法第29條是規定董事不得兼任所設私立學校校長，並未限制董事不得參與校長遴選，但方文昌在出任校長後，即不得再擔任董事。
對於方文昌是否利益迴避乙節，教育部提到，經該法人釐明在111年11月21日召開董事會議時，方文昌是依董事身分執行圈選遴委會委員職責，且於會中並無對圈選委員有任何發言；112年9月18日董事會議提案表決校長人選時方文昌亦有迴避，並於112年9月21日辭任董事身分。
方文昌是否涉及掠奪性刊物乙節，教育部說，經該法人釐明校長遴委會已於112年9月6日召開第5次會議進行資格審查、治校理念報告及推薦人選時詢問此情，並經釐清傳言指摘並非屬實後，經遴選委員以無記名方式投票表決推薦為第12任校長候選人人選，提送該法人董事會議圈選。
教育部表示，核定公文特別指出校長要專任，是因私立學校法第41條第4項明定校長應專任，除擔任本校教課外，不得擔任校外專職。爰教育部於核定學校法人聘任校長時，向來皆會循例提醒學校法人，並非特別針對本案提醒。後續如遇有違反私校法情事並經查證屬實，本部仍將依法查處。
