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陳良基並在2013年9月接任台灣大學學術副校長，2016年1月任教育部第16屆國家講座主持人，2016年5月出任教育部政務次長，並在2017年2月升任科技部部長。
原本這次內閣改組傳陳良基將回娘家，接任教育部長職務，陳良基原本也已答應，但今日行政院召開記者會，準行政院秘書長李孟諺說，陳良基回去再做考量後，因科技界有很多反應希望他留在科技部，主要近年科技部長平均任期都只有1年多，換太頻繁，加上陳良基任內推動重要科技包括台積電、華邦及力晶等投資案，目前都在進行中，他當時也有簽保證書，要協助解決有關水電、土地等問題，因此經與院長商量後，決定留在科技部，也符合業界對他繼續在科技部效力的期待。
至於教育部長，在蘇貞昌誠懇邀請下，去年4月因台灣大學校長遴選案請辭的前教育部長潘文忠則回鍋教育部，再次貢獻己長。
1962年次的潘文忠，曾任台北縣海山國民小學教師、台北縣教育局長和文化局長、教育部國教司長與主任秘書、國立編譯館長、國家教育研究院副院長及台中市副市長。2016年5月20日總統蔡英文上任後，擔任首位教育部長，2016年6月8日兼任國家年金改革委員會委員，2018年4月14日因台大校長遴選爭議而辭去教育部長。
