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後勤支援管理系統及成本管理資訊系統硬體部份已設置於台鐵局機房及各業務單位據點驗測及使用中，另全案後續處理也將分別重新招標建置，並依2案清點結算後之結果，於招標文件中加入該項評分標準，以延續前案成果，務盡善用公帑之責。而有關追究立約商及專案管理廠商責任部分，台鐵局將俟法院判決結果及依相關契約規定辦理，併同相關失職人員懲處部分，亦將依指示議處簽局報部後，於期限內陳報監察院。
經台鐵局檢討後，為避免之後發生一樣的問題，勞務專案不同性質之系統或專案，原則上不宜併案招標，如欲併案招標，也須讚規劃階段明確訂定及徹底執行整體開發進度時程表及整合驗收測試里程碑，作為整體進度控管及檢討依據。
台鐵局說，由技術單位整合主導合約訂定，依需求嚴審契約規範，並成立專責單位負責履約管理及上線後維管。立約商專業不足部分，由後續招標評選明訂廠商關鍵成員應具備的相關領域經驗、證照及專案實績。另為有效約束立約商，除於契約中明確化罰則及違約條款外，履約階段達規定要件必須徹底並確實依據契約規定條款嚴格執行，如遇到因時因地權宜考量，也務必留下明確裁示紀錄備查，而建置專案之設計監造宜由同一廠商負責，權責釐清方能更加明確。
監委蔡崇義、田秋堇表示，台鐵局為結合後勤支援管理各子系統，掌握車輛維修成本，提高維修保養品質，於民國99年間規劃建置後勤支援管理系統（MMIS）。同期間配合國際會計準則實施，也規劃辦理成本管理資訊系統（CMIS），其中車輛修造管理與工廠會計及材料管理與材料會計模組需與後勤支援管理系統介接整合。
但監委指出，台鐵局未有效督促立約商依照契約規定期程依序執行，以致後勤支援管理系統完成後，無法介接成本管理資訊系統進行驗收測試及上線。台鐵局自與廠商簽約辦理開發建置案至通知廠商終止契約日止，歷時6年多，耗費公帑2億7447萬餘元，目前2系統都在訴訟中，至今未完成驗收。
