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以台北市為例，腸病毒疫情早已連續3周突破台北市的流行閾值960人次，過去數周腸病毒門急診就診分別為916人次、1058人次、1132人次以及1194人次。
台北市衛生局表示，衛生局已經公告疫情進入流行警訊期，要求教托育機構應依規定落實通報及停課，如發現疑似手足口症、疱疹性咽峽炎或腸病毒感染的學童，應於發現時起48小時內至「台北市學校傳染病通報系統」完成通報，未依規定通報，將處3千元以上1萬5千元以下罰鍰。
腸病毒目前無抗病毒藥物，勤洗手是預防腸病毒最有效的方法，包括：擤鼻涕後、吃飯前、看病後、接觸幼兒前、如廁後，應使用洗手乳或肥皂搓洗20秒，沖洗乾淨後使用衛生紙或個人擦手巾擦乾，勿與人共用毛巾。
台北市衛生局疾管科科長陳少卿表示，公告流行警訊期間，依北市腸病毒通報及停課、停托作業規定，幼兒園、托嬰中心、補習班及兒童課後照顧服務中心等，同一班級於7日內有2名以上（含2名）幼童經醫師診斷為手足口、疱疹性咽峽炎或腸病毒感染時，該班級應採停課措施。
另若台北市公布出現本土腸病毒感染併發重症病例時，班上出現一名確診為腸病毒71型個案時應停課，停課同時徹底加強以稀釋漂白水消毒課桌椅、玩具、書本、遊樂設施、娃娃車、保健室、尿布檯及廁所等幼童接觸的環境。
