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陳師孟指出，全案有沒有「秋後算帳」，難以從既存事證查明，他綜整出侯寬仁於99年遭行政懲處案的4大疑點，不過因正副總統非屬監察職權行使的對象，且本案又不以追究相關人員行政責失為目的，否則不啻重蹈本案覆轍，因此公布全案的來龍去脈，供國人與歷史公斷。
媒體提問陳師孟，全案事隔這麼久，已「政黨輪替」又輪替，為何聲請調查？陳師孟說，只能說侯寬仁相信他。
★陳師孟認為4大疑點如下：
一、法務部於99年1月26日收到總統馬英九親批，要求王清峰部長「一閱並說明」之剪報後，對查究侯寬仁檢察官偵辦其市長特別費案行政違失一節，前後態度丕變。
二、本案經台高檢考績會審議後，原本做出對侯寬仁「不予議處」的決議，惟該決議嗣復迭經該署檢察長提起復議、法務部要求再予查明，及嗣更另以一舉羅列3案的方式，再度去函台高檢要求懲處等節，致該署於99年3月5日至8月17日前後僅約5個半月期間，即就侯案密集進行多達5次考績會審議，終做出對侯寬仁「發命令使之注意」處分的決議，明顯逸出行政究責的常態。
三、本件台高檢考績會既對馬英九特別費筆錄案，決議予以「發命令使之注意」之處分；惟該懲處案嗣迭經法務部檢察司及檢察官人事審議委員會層層修改，最終仍作成相對於他案較重的懲處，為申誡一次。本件除無會議討論過程紀錄外，案關人員多以「不復記憶｣為辭，導致難以窺知懲度衡酌或調整的理由。
四、馬英九於97年5月20日就任第12任總統後，侯寬仁檢察官該年度的考績即考列乙等；嗣99年間馬總統以陳長文律師的讀者投書剪報，要求法務部長「一閱並說明」，侯寬仁當年度雖曾另獲記1大功的獎勵，年度考績卻再次乙等。
