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不過，幻象2000服役20多年來傳出不少狀況。幻象2000的維護與操作費用比F-16跟國產IDF經國號戰機高昂，每小時作業費用高達80萬元，比F-16的16萬元、IDF的25萬元高出許多，一年的維修成本也高達1400萬元。幻象2000在台服役初期，也曾傳出座艙起霧的情況。
法國售後態度差
除此之外，法國達梭公司對於幻象2000的售後服務態度，也令人不敢恭維。軍方人士抱怨，如果操作遇到機件狀況問題，法方常常是通報後4個月，都不見得會來處理，F-16的製造商洛馬則是通常一個星期內就會來處理。
法方態度差，與台灣政府跟法方打軍售佣金官司有關。法國檢方在調查拉法葉艦佣金案時，發現幻象機採購案也有收取佣金，違反台法之間軍購簽訂的「排佣條款」，在拉法葉艦佣金案法方敗訴，判賠我國263億元台幣後，我國國防部趁勝追擊再度幻象佣金案打官司。
原本拉法葉艦佣金案仲裁敗訴之前，法國起初打算出售新的武器給台灣，包括飆風戰機、雷克勒戰車等，作為和解條件，陳水扁政府還曾成立「鐽震」公司來接洽，但是馬英九政府上台後，拒絕與法國妥協，法方一怒之下撤離法國在台協會負責聯繫的軍事技術人員，對於後續的幻象佣金案仲裁，法國更以不協助升級幻象2000來反擊，並傳出法方提高專利零件價格10倍，企圖讓空軍在維持幻象戰力上付出更多成本。
▲空軍決定增購F-16V戰機，並否認幻象2000戰機會提前除役（圖／記者呂炯昌攝）立委曾建議封存
在IDF戰機升級、F-16A/B戰機升級成F-16V之後，不能升級、操作費用高的幻象機反而成為空軍的燙手山竽。早在2009年時，當時國民黨立委林郁方在立院質詢時，曾質疑幻象戰機飛行時數低、維持費用高，建議應該封存，時任國防部長高華柱說可列為考量。
除了封存外，提前將幻象2000除役也經常被提到，支持者認為能夠藉此降低操作成本、機種單純化也可減少後勤負擔。不過，國防部副部長沈一鳴、空軍司令張哲平都是幻象機飛官出身，對幻象機有情感，現階段當然也不會支持將幻象機除役。
如果將幻象2000除役，再轉賣或是軍援它國又是一個難題。幻象2000因為單價較高、問世時間又比F-16晚上10年，導致銷售成績大輸F-16，幻象2000大約生產600多架，而F-16可是賣出4500多架。目前仍在使用幻象2000的國家包括法國、印度、卡達、阿拉伯聯合大公國、埃及、希臘與台灣，法國已經開始汰除幻象2000，改以飆風戰機取代，印度、阿聯與卡達的幻象機則獲得升級。
巴西的12架幻象2000B/C型機已除役，巴西政府曾公告出售這批戰機，但是乏人問津。如果國軍要出售幻象2000戰機給其他還有幻象機在服役的國家，依據當前的國際政治環境，恐怕敢接手的國家相當少，因為都怕得罪北京。如果要贈送給友邦，我國友邦恐怕是沒有一個國家養得起這批嬌貴的法國貨。
▲空軍向美國提出增購F-16V 戰機需求。（圖／翻攝自洛克希德·馬丁公司官網）