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不過，國內C肝病患多達55萬人，治療費用可觀，引發醫界擔憂排擠預算，台灣醫務管理學會理事長謝武吉昨率先開砲，質疑健保錢從哪裡來？要求基於使用者付費原則，新藥該健保、病患一人一半，由病患自費50%的藥費才對。
健保署長李伯璋表示，現行健保法規定，民眾門診藥品應自行負擔的費用，上限最高就是200元，要讓民眾部分負擔C肝新藥，事涉修法，政府立場當然是不希望增加民眾的負擔，但既然醫界有聲音，健保署態度開放，也不失為一個可以討論的方向，健保署預計在9月召開公聽會討論修法及部分負擔的額度。
李伯璋強調，目前健保署正積極爭取國家型計畫的公務預算，一年約20至40億，目前一年可治療8000到1.6萬人，以避免醫界擔憂C肝新藥納健保之後可能排擠其他新藥新科技的預算及引進。
台灣肝病研究學會理事長簡榮南、肝病防治學術基金會執行長楊培銘也都贊成可採部分負擔，而根據健保署資料，鄰近日本和韓國的C肝新藥療程費用約為27萬以及68.7萬，兩國民眾皆部分負擔30%，自掏約8萬到20萬元。
楊培銘認為，合理的部分負擔比率應在10%，以目前健保談到單一療程25萬元計算，民眾約需自費2.5萬元，弱勢病友若無法負擔則可請社會公益團體伸援手，為求在短時間內讓最多C肝病患得到治療，部分負擔、差額給付是可行的方向。
