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該草案第38條第1項更規定：「經許可為第一類指定事業自國外輸入特區內供營運之貨物及自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費。」此外，該草案第41條第1項進一步規定：「下列貨物除經主管機關會商中央目的事業主管機關後公告對國家安全、國民健康或國際承諾有重大不良影響者外，得免申請簽證或核准，不受其他法律或其法規命令有關輸出入規定之限制：一、第一類指定事業自國外運入特區或自特區運往國外之貨物。二、前款貨物運往該特區外辦理委託修理、檢驗、測試、加工，或復運回該特區。」
農委會說明，台灣地區與大陸地區人民關係條例第35條第3項規定，禁止進口之中國農產品，都是台灣而言具有敏感性之農產品，該草案第42條第1項不但明定開放進口之法源．甚至可依第38條第1項之規定免除包含關稅在內之各類稅賦進口，及依第41條第1項規定有條件免申請簽證或核准且不受其他法令有關輸出入規定之限制，等於邊境門戶大開，將對台灣農業產生非常嚴重的衝擊。
農委會表示，進口到特區內的外國農產品享有各項優待，擁有價格非常低廉的競爭優勢，對在區內進行加工的業者具有強大的市場誘因，將嚴重排擠相關業者採用國產農產品原料進行加工，損害本國農產的銷售通路及農民收益。
至於國民黨委員指該草案第9條規定中國農產品進口須經農委會同意，只要農委會不同意就不能進口，農委會表示，該草案第9條規定：「第一類指定事業製造或加工之農產品輸往國內課稅區時，應經中央農業主管機關核准。」此條文是指在特區內完成加工的農產品若要輸往國內市場，必須經過農委會同意，但包括中國禁止進口農產品在內的外國農產品，仍可自由輸入特區，毋須經過農委會同意。
農委會要反問國民黨委員，自由貿易經濟特區會設在中華民國國土內還是國土外？不管特區落腳在哪個縣市，都是在中華民國國土內，原本禁止進口的中國農產品，就可以依據該草案第42條第1項的規定輸入特區，進入台灣的土地，而原本不能採用中國低價農產原料的國內加工業者，也可以藉由進入特區使用，難道不會影響本國農產品的銷售通路及農民收益？農委會表示，台灣農產品投入加工的比例約佔農業年總產值的37%（約2,017億元），特區是否能為台灣農業帶來加值還不知道，但會造成嚴重衝擊卻已可預見。
