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為防治武漢肺炎在校園擴散，教育部部依照疫情指揮中心建議，訂定下停課標準，停課期程為14天。在大專校院部分，如有1位師生確診，該師生所修、授課程均停課，若有2位以上師生確診，該校、區停課。
教育部指出，大專校院遇停課情形，得縮減上課週數，採1學分18小時彈性修課，於周間或線上課程等補課方式辦理，但仍應兼顧教學品質及學習效果，當校園出現確診病例而實施停課時，視疫情調查結果評估決定實際停課措施，如停課天數、對象等。
而在高級中等以下學校部分，1班有1位師生確診，該班停課；1校有2位以上師生確診，該校停課。另外，如1鄉鎮市區有1/3學校全校停課，該鄉鎮市區停課，各直轄市或縣市、各區或全國的停課標諄，將依國內疫情狀況及指揮中心公布的措施為實施依據。高級中等學校如有選修或跑班之課程，則比照大專校院停課標準辦理。
最後，教育部強調，當學校教職員工生或工作人員為確定病例時，應暫停各項大型活動，如班際活動、社團活動、運動會等，並取消以跑班方式授課，學校停課決定，應立即通報教育主管機關及教育部校園安全中心。短期補習班及幼兒園等，比照高級中等以下學校規定辦理。
