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原汁原味的戰鬥系統《魔力寶貝》最有趣的地方，莫過那千變萬化的戰鬥形式了。雖然乍看之下只是普通的RPG回合制對戰，但在加入了寵物、不同的屬性以及數十種技能之後，本作的戰鬥就此複雜的讓人樂此不疲。
不只是前後排的設計，同時各種魔法、迴避、命中、反擊等要素讓戰鬥變得相當複雜，玩家在戰鬥時不只是要時考思考正確的隊友和寵物配置，技能施放的順序也相當斤斤計較，有時候看似無法輕易打倒的強敵，也可能在更換配置後被輕鬆撂倒。雖然目前手機版技能的數量不及原本的online版本，但《魔力寶貝M》也確實繼承了這種戰鬥的樂趣。
熟悉的寵物們並無缺席而除了變幻莫測的戰鬥之外，《魔力寶貝》最經典的寵物系統也不惶多讓的被還原了過來。在本作中，有著數十隻的寵物等著玩家來捕捉，包括火鼠、螳螂、純白嚇人箱、火焰之刃等熟悉的老面孔都將再次為你效力。且捕捉他們和培養他們的方式也跟以前差不多，玩家只要先刷到對應寵物的圖鑑卡，再前往尋找一級的寵物，並用封印卡封印，就能夠讓它們為你服務。且每個寵物不只是有不同的屬性配置和階級，甚至還能學習5種技能自由搭配，即便是同樣等級的同隻寵物，戰鬥方向也可能因為你的培養而有所不同。
遊戲中甚至還準備了「幻化」的功能，可以讓你江特定寵物變成你身上SKIN的一部分。
新的助戰幫手─夥伴而除了寵物之外，為了因應手機版在尋求隊友的需要，本次《魔力寶貝M》特別新增了「夥伴」系統。遊戲中一共準備了十多隻各大職業的夥伴，玩家可以藉由任務進度或商城來獲取他們。這些夥伴雖然沒有辦法攜帶寵物，但他們能夠成為你找不到真人對友時的最大幫手。且如果願意幫他們解開升階任務，這些夥伴們也會越來越強，進而習得更加高級的技能。
家族、挑戰任務和多不勝數的新要素而既然是完全新版本，遊戲當然不可能只有這些要素。例如本次《魔力寶貝M》就收錄了「挑戰任務」，玩家可以像以前的挑戰雄霸一樣，前往挑戰任務中對抗一些強力的BOSS。
