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總而言之，鄭成功一脈與魯王朱以海之間的關係似乎並不融洽，就算不久後「永曆帝」駕崩於雲南，兵部尚書張煌言上書魯王朱以海請求魯王早日登基繼承大統，都因為沒有鄭成功的支持而未成。雖說兩人明明就是鄰居，但不知為何鄭成功對這位明朝王爺不甚重視，導致魯王與其部屬在金門的生活都過得有些困苦，其中當然也包括了沈光文。
鄭成功在登陸台灣，設立東都與一府二縣後的隔年隨即逝世，明鄭王朝陷入繼承人之亂，此時留在金門的沈光文心灰意冷，買了一艘船打算攜帶家眷回到福州，未料一場颱風將船吹來台灣，似乎也命中注定的，沈光文要為台灣留下許多精彩的第一手文獻資料。
來到台灣的沈光文先短暫居住在府城，隨後移居「目加溜灣」，也就是現在的善化居住。「目加溜灣」是平埔族原住民的聚落，沈光文在此居住時對當地居民帶來了一些醫療與文化上的貢獻，畢竟沈光文在明鄭王朝內是非主流派，祂一個人能做的並不多。
晚年沈光文邀請諸羅縣令季麒光等十四人組成「東吟社」，是目前台灣第一個可考的漢語文言詩社（應該吧？），可惜的是，「東吟社」的詩文至今大部分都失傳了，只有少部分留下來。
但沈光文自己卻留下了不少文學作品，在文學史上具有特殊的意義。尤其是一些記述當地風土民情的詩文，是用以研究十七世紀以前台灣島上情形，極為珍貴的第一手文字資料，因而被譽為「海東文獻初祖」。
而沈光文度過晚年的善化有一間慶安宮，主祀天上聖母，在民國七十一年雕塑了沈光文的金身，安座於後殿，於「五文昌」當同僚，所以曾有一段時間，慶安宮是「六文昌」在護佑考生。後來因為「六文昌」起了爭議，沈光文的金身被移出後殿。（奇怪了，戰隊系列有第六人跟四天王有五個一樣不是很正常的事嗎？）
但不久之後，廟方直接建了一間「沈光文紀念廳」，沈光文的金身直接安奉在紀念廳內享受香火，雖然少了五位文昌作伴可能有些孤單，但沈光文至今依然護佑著當地百姓，若大家有空，可以到慶安宮參拜，再好好瞭解這位「海東文獻初祖」的一生貢獻。
善化慶安宮
沈光文
海東文獻初祖
