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然而在台灣的民間信仰中，神明的令旗有很多功用，除了招募兵馬，也是調動五營執行任務的必需品，同時也代表令旗所到之處是這位神明的轄區，各方無形眾生請自重，不可隨意找境內信眾麻煩。
簡單來說，神明的令旗幾乎可以視為神明本身，所以在台灣的民間信仰中，有些廟宇會讓家中不平靜的信眾將神明的令旗請回家放一陣子，希望能藉神明的權威，讓有意作亂的無形眾生知難而退，若見到令旗還執意作亂，那之後可能就是神明親臨來處理這件事。有些廟宇則是讓擲到爐主、副爐主、頭家的信眾能請令旗回家坐鎮，因為能供奉神明的令旗本身就是一件值得驕傲的事。
令旗代表神明權威，也有神性存在，無論是廟方還是請得令旗的信眾自然要妥善保管，但旗子畢竟是有形之物，必然會面臨損壞，如果你是請令旗回家的信眾碰到這個問題，其實不用過於驚慌，在發現令旗有破損的當下就先向廟方反映，之後再討論修補與補救的方式即可。（編輯：黃彥昇）
