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另外，為建構國營鐵路機構不動產開發經營機制，增訂國營鐵路機構得辦理其經管鐵路路線、場站及其他國有不動產等開發規定，並就開發所涉都市計畫變更，應劃設合理使用分區類別、訂定合適開發強度及使用項目，並適度減輕國營鐵路機構之開發負擔，為簡化國有不動產處分程序及配合財務調度運用，增訂經管國有不動產處分與收益等相關規定，若屬其資產的收益，可由其循環運用。
而現行鐵路法條文前段規定屬國營鐵路機構組織內部人事事項，非屬作用法性質規範，且現行交通部台灣鐵路管理局組織條例已明定其從業人員應適用，也無現行條文後段「 法律未規定者，由交通部定之」規定之適用，為符現行法制，因此刪除。
配合第四條將有關鐵路之監督管理業務，明定由交通部鐵道局辦理，為強化監理作為，增訂地方營、民營及專用鐵路機構不得拒絕、規避或妨礙檢查，為擴大監理能量，並增訂得委託其他機關、團體辦理檢查事務之法規依據。
另外，為推動觀光鐵路，鐵路機構得依提供的觀光服務內涵收取費用，其費用、路線範圍併同觀光服務計畫應報交通部核定，經核定後由鐵路機構公告實施。
同時強化鐵路行車事故及異常事件的處理機制，因應國家運輸安全調查委員會成立，為避免行政部門資源重複，明定交通部鐵道局對鐵路機構事故及異常事件調查權責，並進行相關事項修正。
