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工會提出「民國九二年的政府台鐵公司化承諾事項,為何於本次草案無法實現? 卻強行送立法」，台鐵表示，草案為交通部自去（2021）年5月起，多次召開跨部會諮詢會議訂定，對於行政院92年承諾事項均已實現。債務方面，短期債務由政府設立基金全部承擔、舊制退撫金由交通部逐年編列預算支應、遞延負債逐年對列遞延收入處理、日常性應付貨款循一般支付程序處理，公司成立時債務負擔歸零。同時負擔建設及維修費用、政策性任務虧損補貼。
行政院92年承諾另包含「與工會協商」，中央表示，已積極與工會進行溝通協商，基於社會大眾對於台鐵轉型改革高度期待及迫切心情，條例草案經行政院於3月3日院會通過後，即提送立法院審議。
對於「為何台鐵改革不以安全為前提？工會希望台鐵要有一部台鐵安全憲章，未來台鐵必須遵守最高安全標準」，台鐵表示，改革以安全為前提，尚未公司化前中央即戮力推動台鐵安全改革之各項工作，包括落實安全管理、辦理各項設施軟硬體改善、依據鐵路法及鐵路行車規則監督台鐵行車運轉工作、積極推動SMS安全管理系統，以及透過鐵道局檢查員確認安全管理落實情形，並配合第三方安全評鑑，確認安全管理的有效性。
台鐵表示，經查西日本旅客鐵路公司「安全憲章」，並未於公司設置條例中明定，目前台鐵局安全管理系統(SMS)已有類似制度，提出全局安全政策聲明，並分層分級執行風險管理等具體做法，均在台鐵網站公告，確立員工安全核心價值理念。目前台鐵公司設置條例也參考工會版，於第二條第二項增列，台鐵公司對於營運安全具關聯之核心業務應確實依相關法令規定執行，另第六條及第八條規定營運安全計畫要經公司董事會審議，報交通部核定，做為營運安全最高準則。
台鐵指出，為讓安全改革更能落實，未來台鐵公司將在董事會設立安全委員會，由總經理直轄督導營運安全處及職安室，提升組織運作效能；設立品保室，以故障預防取代事故檢討，落實風險管理；設立地區營業處，加強橫向整合，下設營運安全科及職業安全衛生室，強化基層營運安全及工安管理。更將成立技術群，聘請安全、資訊及技術專業人才，建置安全系統設備、成立技術研發中心，並結合員工訓練中心，強化教育訓練，有效提升營運安全。
針對「為何台鐵改革，台鐵要失去軌道路線及各車站,皆移交出去？未來營運時，卻還得高額租回使用」，台鐵表示，談鐵資產7,360億分類及處理方式，均以永續經營及營運效能為目標，非營業所需國有非營業用產業約228.59億元，屬非營業所需資產，歸還國產署。非營業所需移撥基金228億，為台北機廠、E1E2、高雄港站，由交通部加公務預算成立自償性基金，償還台鐵局債務1,484億。
而營業所需無開發價值之基礎設施約3,399億元，佔資產總金額約46.18%，由政府以優惠租金提供公司使用，以減輕公司每年20億折舊負擔。營業所需具開發效益資產約3,505億元，佔資產總金額約47.62%，由公司持有，未來透過多元活化利用，挹注收入，改善公司財務。
而「未來員工升資考試,外部機關是否承認? 銓敘如何辧理及保障」，台鐵表示，公司化條例第十五條第一項已明定，依原身分轉調台鐵公司者，其考試、任用、薪給等勞動條件及其他權益事項，均維持現況。銓敘審定授權台鐵公司辦理，具相同效力，並依規定由行政院會同考試院另定辦法行之。
對於「草案只說公司成立初期，絕不資遣任何員工，但對未來的員工制度及保障根本沒有著手，且未文字化」，台鐵說明，條例中明定公司成立之日不能裁員，非常明確，未來視公司整體經營狀況，由董事會訂定相關人事規章，進行公司人力最有效的調派，這是組織跟公司治理的必要條件，經查港務公司、郵政公司及機場公司等3家公司，於公司化後從來沒有無故資遣員工之情事。
有關員工權益保障，依台鐵公司設置條例第十三條規定，其服務年資、薪資、退休、資遣、撫卹及勞動條件等，應予維持；另第十五條規定，台鐵公司成立之日，隨同業務轉調台鐵公司，依原適用之交通事業人員任用條例或公務人員任用法律繼續任用，仍具公務人員身分者，其考試、任用、薪給等動條件及其他權益等事項，除本條例另有規定外，仍依其各該相關法令辦理。
最後，台鐵表示，本次協商會議，工會已提出具體明確訴求，有助於縮小院版與工會版條例草案之差距，交通部及臺鐵局將秉持善意、互信、尊重的態度，持續與工會溝通協商，爭取達到更多的共識。
