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儘管內閣進行改組試圖振作，但改組後的成員卻醜聞不斷，加上2007 年自民黨參議院選舉大敗，持續為安倍仕途增加壓力，最後他因潰瘍性結腸炎復發而宣布請辭。
經過休養之後，安倍重返政壇，並且痛定思痛，反思任人唯親的教訓，在2012年，安倍回鍋再任日本首相，相較於第一任期，安倍更加重視派系平衡，不再任人唯親，但仍在這次任期當中多次爆出弊案以及醜聞，甚至還涉及到安倍本人。
先是傳出安倍夫人捲入「森友學園」國有地弊案，安倍晉三再被爆出「加計學園案」幫助友人新設獸醫系，引發在野黨不滿，民調跌破五成。隨後，安倍又傳出使用國民稅金招待地方支持者的「賞櫻會」風波，被外界質疑是拿著政府的預算為自己綁樁，另外還有介入東京檢廳長黑川弘務的延期退休人事案等爭議。加上內閣成員屢次失言、經濟成長未有起色、國防政策不當等，在在引發民眾反彈，支持度慘跌至三成以下。
另外安倍長期以來一直試圖修改戰後憲法，其民族主義立場也時常挑起與中國和韓國的緊張，像是過去曾經參拜靖國神社，就引起中韓不滿。他在2015年時推動解禁部分集體自衛權，使日本能夠在海外出兵，捍衛自己及遭到攻擊的盟友。儘管日本鄰國和日本公眾都有反對之聲，國會依然批准這項爭議性更動。而他的目標是修憲把自衛隊改為國防軍，雖然尚未實現，卻也在日本國內引起爭議討論。
不過在疫情初期，防疫成效有限，民眾對於安倍政府的應對政策也逐漸失去信心，再加上東京奧運延期等因素，安倍民調和支持率雙雙走向就職以來最低。2020年，安倍再度因為潰瘍性結腸炎再度復發而辭去首相。不過他仍成為日本憲政史上在位最久的首相，兩任任期加起來長達3188天，也是自平成時代以來，唯一曾二度拜相的政治家，從政紀錄堪稱日本政界傳奇。
