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(一)距前一次發病日或採檢日14天起至3個月內，如原慢性症狀惡化、或出現發燒或有新呼吸道症狀，且SARS-CoV-2 RT-PCR檢驗陽性且Ct值<27或抗原/核酸快篩陽性，並經臨床醫師診斷為「重複感染」者。此對象經通報後即依現行確診病例處理原則，啟動相關防疫措施及醫療處置。
(二)距前一次發病日或採檢日3個月以上，SARS-CoV-2 RT-PCR檢驗陽性或抗原/核酸快篩陽性者，原則視為新感染個案，依現行確診病例處理原則，啟動相關防疫措施及醫療處置。惟此類對像如經醫師綜合評估(例如目前有無疑似症狀、接觸史、旅遊史、快篩檢驗結果、SARS-CoV-2 RT-PCR 檢驗結果陽性惟Ct值≥30等)非屬新感染個案，則排除確診。
二、距前一次發病日起14天內，SARS-CoV-2 RT-PCR檢驗陽性或抗原/核酸快篩陽性者，原則視為同一病程。
三、重複感染個案如有採集PCR陽性檢體，衛生單位或臨床醫師可評估送衛生福利部疾病管制署檢驗及疫苗研製中心進行基因定序，以持續國內監測SARS-CoV-2變異株流行現況。
四、為促進用藥時效，重複感染個案於研判確定後，可由診斷之臨床醫師逕行依專業用藥，惟若臨床醫師、衛生機關或各區傳染病防治網區之正、副指揮官對於用藥時機有疑義時，可依網區指揮官指示修正。
指揮中心表示，前述事項及醫療院所通報流程等已於今(2022)年9月30日函知各地方政府衛生局轉轄區醫療院所辦理，相關防治措施亦將視國內疫情變化適時調整，確保國內防疫安全。（編輯：倪浩軒）
※【NOWnews 今日新聞】提醒您：
因應新冠肺炎疫情，疾管署持續加強疫情監測與邊境管制措施，國外入境後如有發燒、咳嗽等不適症狀，請撥打「1922」專線，或「0800-001922」，並依指示配戴口罩儘速就醫，同時主動告知醫師旅遊史及接觸史，以利及時診斷及通報。
