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高教工會表示，教育部對大學開設在職專班，繼續維持「差別管制」，相對於開設一般碩士班，大學若開設「在職專班」，政府容許只用較少師資就可營運，卻可收取無上限的學費，收支還可以自由運用。加上政府容許「在職專班」的入學門檻、畢業學分與論文水準可與一般碩士班有別，但一樣都可授予碩士學位。在「差別管制」的結構下，經費不足的大學及系所自然紛紛爭取開設在職專班，儘管能指導論文的師資不足、學生準備參差不齊，都未有檢討，若繼續放任，恐影響我國高教。
另外，高教工會批評，《私校退場條例》上路，卻仍以「雙軌制」留存校產溢流漏洞，只有被列入專輔的私立學校才適用退場條例；私立學校只要還沒被專案輔導前，退場就可以不適用《私校退場條例》，而可以回頭使用《私立學校法》，退場毋須重組董事會及限期解散、校產歸屬也有逃逸空間，形同公然向私校辦學者宣示「逃逸路線」，使「預警」變成逃逸通報，埋下了未來數十所私校退場時師生權益及校產歸屬的不確定性，及預留種種因人設事的不正空間，毫無合理性可言。
高教工會表示，教育部於2022年6月發佈《專科以上學校進用編制外專任教學人員實施原則》，宣稱將提升對大專專案教師的權益保障，以回應各界與監察院對教育部的糾正指責，但刻意缺漏「續聘保障」的相關要件，並未規範學校恣意不續聘的行為，導致專案教師「免洗筷化」、「用完就丟」的爭議，仍未解決。
高教工會指出，2022年3月，行政院提出公教人員退撫新制草案，預計將2023年7月起初任公教人員的退休金制度，從現行的「確定給付制」，改為不確保給付數額的「確定提撥制」，立法院在今年12月三讀通過，將使新一代的公教人員退休金銳減，恐將導致未來高教尖端人才外流、或公教叫在職期間卻得分心外務以積累額外退休金等新病症，埋下隱憂。
根據高教工會調查，教育部高官離退之後，轉進私立大專院校任職充當「門神」的角色，截至去年年底，潘文忠擔任教育部長任內，人數不但沒有減少，還增加了10位新的門神。高教工會表示，經外界持續批評迄今，教育部始終未實施有效的「旋轉門條款」予以管制，甚至還混淆視聽回應「雙薪教授」已有所減少，刻意掩蓋長期以來自身高官退休後任職私校、與私校利益勾結互惠的荒謬亂象。
高教工會理事長、南華大學應用社會學系教授周平強調，台灣的高等教育狀況體質不良已久，面對種種病症政府卻還一再「開錯處方」，縱容問題惡化。民間與工會各界儘管持續發出批評聲音，官員們卻始終不願虛心檢討，甚至為了利益考量將錯就錯，導致種種本可改正的問題一再惡化。
高教工會副秘書長、亞太創意技術學院公益董事黃惠芝表示，當前私校退場「雙軌制」保留了校產溢流後門，以及教育部退休官員轉任私校「門神」亂象未改，反映了政府迄今依舊缺乏決心導正高教亂象；同時，新進教師卻得面對編制外聘僱缺乏保障、或未來退休金改惡的後果，毫無公平正義可言，呼籲教育部通盤檢討高教亂象、挹注充分教育資源，使新一代的高教環境日趨正常。
