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在安全保障方面，日本自衛隊將與菲律賓軍方加強聯合演訓。雙方都同意日菲兩國應強化各種層級的國防與安全保障方面合作，將透過美日菲協議，以及日本自衛隊參加美菲聯合演訓等達到國防交流。
《讀賣新聞》分析指出，過去在反美前總統杜特蒂的領導之下，菲律賓以及美國的安保合作關係一時停滯，但小馬可仕在去年6月上任後，正在試圖改善與美國的關係，同時加速強化與日本政府合作。
由於菲律賓居海上航路的重要樞紐，位於連結日本九州、台灣、南海的第一島鏈，菲律賓與台灣之間隔著巴士海峽，戰略地位相當重要。菲律賓做為美日的戰略夥伴，備受美日重視。當台灣有事時，在菲律賓有足以因應的據點。
美國國防部長奧斯汀本月初訪問菲律賓，根據2014年簽署的「加強國防合作協議」（EDCA），菲國同意美國擴增軍事基地使用權，從目前的5個增加到9個。雖然未來不會有大規模美軍常駐，但在台灣有事發生時，在日美軍也能使用菲律賓的基地做為據點。
分析指出，基於菲律賓的戰略重要性，除了美菲雙邊安全合作，更應建立菲國與其他國家的多邊區域安全合作，美日菲合作更是不可或缺。日本自衛隊和菲國軍方從2017年起，進行兩國間或美日菲3國的人道支援和救災聯合演訓，在聯合聲明中，也提到菲律賓可能更進一步接受由日本提供的警戒管制雷達等國防裝備和技術。
中國在南海的海洋行動趨於活絡，日本政府與美國皆表示要加強與菲律賓的安全保障合作，主要是希望提升對中國的震懾力。
不過同時，中國也在拉攏小馬可仕政府，中國國家主席習近平今年1月與小馬可仕在北京舉行會談，為了和平解決南海問題，雙方同意將創設外交當局之間直接對話的平台，也會簽署相關文件，在農業、基礎建設整備、數位等領域合作。
