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(1)基隆-馬祖：全部停航(2航次)。
(2)馬祖福澳-福州琅岐：全部停航(2航次)。
(3)北竿白沙-福州黃岐：全部停航(2航次)。
(4)南竿-莒光：全部停航(6航次)。
(5)南竿-北竿：全部停航(22航次)。
(6)南竿-東引：全部停航(2航次)。
(7)金門-五通：全部停航(16航次)。
(8)布袋-馬公：全部停航(8航次)。
(9)臺南將軍-澎湖東吉：全部停航(4航次)。
(10)東港-小琉球：全部停航(48航次)。
(11)鹽埔-小琉球：全部停航(14航次)。
(12)富岡-綠島：全部停航(9航次)。
(13)富岡-蘭嶼：全部停航(8航次)。
(14)後壁湖-蘭嶼：全部停航(8航次)。
航港局呼籲，民眾颱風期間不要前往離島旅遊，以免因船班停航而滯留離島。
另原先訂於9月5日在高雄港1號碼頭舉辦的澎湖輪首航典禮，因受海葵颱風影響先予取消，後續舉辦時間將另行通知。
