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為期12天的台北世大運，從事前一路被唱衰，開幕式遭反年改團體陳抗，柯文哲大罵「王八蛋」，到最後台灣選手表現傑出，共奪90面獎牌，風光落幕，過程可以說是驚心動魄，而世大運成功舉辦，也讓柯文哲滿意度上升17個百分點至60%，由谷底翻身，為2018選舉連任率先鋪路。
2.雙城論壇
7月登場的台北、上海雙城論壇，柯文哲重申「兩岸一家親」、「兩岸命運共同體」的立場，引發爭議，不過他回台後，接受電視台專訪時卻自爆，他行前將講稿、行程資料傳給國安會，國安會、陸委會等中央單位，各單位都不說話或是躲起來，放他自己去跟阿共仔「單挑」，等到出事才攻擊他，成敗要台北市扛。談到此處還一度哽咽無法言語，說真的非常難過。而此番話，也引發府方不滿反擊澄清並無此事，整起事件更再度引發柯文哲和民進黨的緊張關係。
3.陳水扁裝病說
柯文哲9月底接受電視專訪時，被問到阿扁的問題，竟然驚爆「扁一開始是裝的」，後來一看大腦斷層，大腦前葉委縮，他才相信扁真的病了。而此番言論，引發挺扁人士高度不滿，柯文哲最後公開致歉，不過他還是替自己感到冤枉，強調媒體斷章取義，說「這就是標題殺人」。
4.「中國新聲音」台大學生濺血
台北市府協助大陸選秀節目「中國新聲音」9月舉辦演唱會，租借台大田徑場，當天引來獨派人士及台大學生抗議，最後發生統派人士甌打台大學生的濺血事件，事發後，柯文哲強調，台北市政府是協辦機關，「到現在沒有看到疏失」，對於統戰入侵，柯則說「抵抗力強就不怕外面的細菌」。而台大濺血案後，派出所長遭調離主管職、員警記過。
5.取消「阿扁違建特赦令」
台北市八德路違建大火釀一死一傷，事發後，柯文哲表示，前市長陳水扁曾有「特赦令」，將民國83年前的違建列為存查，他說，如果每個市長上來都說以前的違建不算，「這樣不行」，因此打算將「阿扁特赦令」拿掉。
6.築高牆說挨批
勞團12月上街抗議「勞基法」修惡，但遊行結束勞團的脫序行為，讓警方疲於奔命，柯文哲事後檢討說，對於陳抗頻仍應改善中央政府硬體，像圍牆、鐵欄杆應該要加高，不管是行政院、聯合辦公大樓、立法院，不可以「圍牆一翻就過去」，然後為了保護那圍牆，耗費一堆警力去當人肉盾牌。不過此番言論，遭網友痛批，當年柯P說要推倒藍綠高牆，現在卻要築白色高牆。
7.悠遊卡北高大戰
北市府於2015年讓一卡通可在北捷使用，但悠遊卡卻在高雄頻踢鐵板，不僅在高雄捷運無法加值，連高雄輕軌都不給嗶，柯文哲撂下重話，呼籲交通部出面協調，否則將讓北捷禁用一卡通。
8.舉債問題槓陳菊
柯文哲11月在北市府內部會議中提到，雖然和高雄市長陳菊一樣都在當市長，但是他是在還債，高雄則是舉債；柯文哲說高雄市新台幣2600億元的舉債額度，陳菊任內就用了2400億元，未來不管誰接都很難做。這番話引來陳菊不滿，批柯「沒有展現應有高度」，柯則回說，「我有172公分，怎麼會沒有高度？」
9.「香港無聊說」引爭議
柯文哲3月26日出訪泰國時，語出驚人說「香港很無聊，就一個小島有什麼好看的」，隨即引起各界爭論，香港歌手何韻詩、作詞人林夕還接連邀柯P到香港一遊，不過事後柯自認不是失言，而是「心裡不服氣」，「我一直覺得台灣應該是更好玩、更好看、好吃，但國際觀光客就是比香港少，這就要適時的去想想看，台灣在觀光軟實力，需要加強的地方還是要加強。」
10.撤換心腹蔡壁如
到了2017年終，柯文哲還是有驚人之作，竟然無預警的撤換跟他許久的辦公室主任蔡璧如，將她轉調為有幾職市府顧問，柯文哲坦言，蔡的個性不夠柔軟，為了避免她再次成為箭靶，有意讓她退居二線。
