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不過 Uber 不服並提起行政訴訟，主張只是引進 App 網路平台，並由駕駛與乘客自行在平台進行交易，無經營計程車客運業。且依《公路法》規定，應由公司所在的台北市政府裁罰，非公路總局。
台北高等行政法院認為，雖然 Uber 未向台北巿公路主管機關申請核准，就經營計程車客運業，顯然違反《公路法》相關規定，不過應該是由台北市政府裁罰，公路總局就「台北巿轄內計程車客運業」並無管轄權，因此判決公路總局敗訴， Uber 免罰 1 億元，全案可上訴。
對此，公路總局回應，針對今（ 9 ）日台北高等行政法院對公路總局未具裁處 Uber 案管轄權之不同見解，公路總局原則尊重，於後續正式收到裁判書後，對於台北高等行政法院不同見解部分，將會同法制單位研析，依程序向最高行政法院提出說明上訴。
