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交通部表示，台灣為海島國家，航空在金馬澎等離島擔負聯外交通重任，為避免影響國人及旅客就學、返鄉、工作、就醫等要事，或排定之假期旅遊，交通部身為民航事業之目的事業主管機關，有責確保旅客權益。
交通部指出，馬祖航線由「立榮航空」獨營，澎湖與金門，立榮所占運能亦約半數，一旦空服員罷工影響「立榮航空」營運，原本交通已相對不便的離島居民，行的權益將受到嚴重衝擊。未來若啟動軍機投入離島運輸，將僅限於彌補罷工所導致的「立榮航空離島航線」運能缺口，且所有航次均須收費。
交通部表示，期盼事件能儘速圓滿落幕，達成公共利益、勞工權益與公司永續經營的三贏；而交通部協助降低旅客的不便，亦盼協助化解旅客對罷工行動的不滿，正面看待工會爭取權益之努力。
