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在罰則部分，區分為一般外國與對台威脅最大的中國罰則，若為中國發展組織者，從現行法的5年以下有期徒刑，加重為7年以上有期徒刑，得併科5000萬元以上1億元以下罰金；若是中國以外的國家，則處3年以上10年以下有期徒刑，得併科新臺幣3000萬元以下罰金。
修法也明訂，退休軍公教人員若從事共諜叛國行為，經判刑定讞者，喪失退休給與的權利，而已領者從違法之日起開始追繳。
在朝野協商時，時代力量黨團也提出修正動議，要求針對媒體傳播足以危害國家安全訊息的行為開罰，但國家通訊傳播委員會（NCC）認為，主管機關沒有權責判斷是否足以危害國安，陸委會副主委邱垂正也指出，應先處理過去共諜案輕判情形相關條文；朝野最後表決通過，請陸委會、NCC及國安會等相關單位以附帶決議方式處理，應就兩岸關係條例、廣電三法及相關法律之修正、制定，盡速於下會期進行立法審議程序。
