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2014年柯文哲在競選台北市長時，將大巨蛋、三創園區、美河市、松山文創與雙子星統稱「五大弊案」，揚言上任後，必將查辦到底。其中，雙子星案經由台北市政府的廉政委員會調查後，認定市府內部沒有疏失，所以交由法院處理。
2018年，柯文哲主導下，雙子星重新招商，12月底，由港商于品海領軍的南海控股及馬來西亞馬頓公司取得最優申請人資格。依照原先的相關規定，獲得最優申請人資格者，必須成立新專案公司，預計於今年3月通過審查後，與台北市捷運局簽約。但該團隊依相關法規於今年1月底在投審會掛件，遭投審會質疑有中資背景，致使全案陷入膠著。
今年3月份，投審會表示，該案審查「無具體時間表」。使得柯文哲多次怒摃中央，指投審會是「千百會」，甚至總統蔡英文要柯專心市政，「若有需要中央協助，都會協助」，讓柯文哲周一反擊說：「我就是專心市政，才希望雙子星趕快解決」、「難道要我去官邸拜訪？」雖然蔡英文冷淡回應：「這件事情找總統是沒什麼用的 。」但昨（26）日，投審會就決議駁回雙子星案，理由為：「有國安疑慮 。」
換言之，該案自1月底掛案至今近半年，投審會既無法證明南海確有中資，又無法抗拒立委強力質詢南海案疑有中資的壓力，所以只能用「中資對南海發展有實質控制力」、「中國對雙子星營運有控制力」等模糊說法來結案。
