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今早協商時，國民黨團總召曾銘宗表示，國民黨贊成開放檔案，但他認為，若檔案再政府機關手上，為何民進黨過去三年不直接換局長、換部長，直接解密就好，為何要特別立法。
對此，管碧玲說，曾銘宗的論述是人治的概念，「你一聲令下就列為機密，說關起來就關起來，這樣的論述非民主。」
時代力量立委林昶佐則表示，此法為轉型正義的最後一塊拼圖，戒嚴時期許多受害者和大眾想調閱這些檔案，想知道真相，但正因在當時時空背景下，許多資料都難以調閱。 對於曾銘宗的說法，林在協商時忍不住動怒表示， 「我們要找的是大家都還不知道的真相。」
此次修法的其中爭議在於徵集檔案的時間範圍。國發會建議將政治檔案定義為「自1945年8月15日起至1992年11月6日止，與二二八事件、動員戡亂體制、戒嚴體制相關之檔案、紀錄或文件」，但國民黨團書記長吳志揚認為，此時間範圍就是針對國民黨，國民黨團主張應該取消截止日。
不過，第一條政治檔案定義為「自1945年8月15日起至1992年11月6日止，與二二八事件、動員戡亂體制、戒嚴體制相關之檔案、紀錄或文件」經過三讀通過。
根據三讀條文，政治檔案於保密期限屆滿或解密條件成就時，自動解除機密；保密逾三十年仍列機密等級者，除原移轉機關（構）敘明有保密義務之法律依據外，視為解除機密。
此外，政黨、附隨組織或黨營機構拒絕將審定之政治檔案移歸為國家檔案者，處新臺幣一百萬元以上五百萬元以下罰鍰，並得按次連續處罰，而若是毀棄、損壞、隱匿所保管之政治檔案或令其不堪用，還得處5年以下有期徒刑。
