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此外，因這次私菸案涉案人是向華航訂購的菸品，並把存放在華膳空廚的保稅倉庫，海關也會針對華膳空廚的出貨紀錄調查，並了解有無進行自主管理等。不過，由於保稅單、報單等也都只能放5年，因此也很難透過總統專機的時間點去清查，只能追查涉案人以往是否有從事相同行為。
由於依據關稅法規定，總統及副總統的應用物品免稅、免驗，除非是接獲特定情資，懷疑有違規物品，才會進一步檢查。也因此，關務署指出，總統、副總統出訪涉及高度國安層級，實務上都交由國安單位進行整體流程控管、查驗，包括隨行人員的行李查驗，華膳空廚存放區的管制等。
不過，這次私菸案爆發後，關務署表示，為防範類此利用國賓特殊禮遇通關程序夾帶貨物入境情事再度發生，將與國安單位檢討特殊禮遇通關程序，檢討方向像是由國安單位提供查驗控管的標準作業流程，甚至讓海關在不影響國安人員業務下進去抽檢等。
