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「這個事件顯示出長期累積的陋習，我們看到國家體制、管理機制跟執法鬆散，我難以接受」，蔡英文表示，她已下令所有單位配合司法機關調查，在第一時間已經做內部檢討、人事調整，新任的國安局長邱國正歷練完整、治軍嚴謹，蔡希望邱能藉此機會整頓國安體系沉痾，並指示他一周內提出檢討報告。
此外，蔡英文強調，這次出訪為期12天，是歷來出訪最長的一次，成果相當豐碩，第一線外交人員十分辛苦，卻遭運菸案讓失焦，她也向外交人員表達歉意，「我們外交同仁確實努力，他們也表現得非常好，希望社會給予肯定」。
