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民航機在台灣本島主要降落機場為台北松山機場、台中清泉崗機場、高雄小港機場，雖然航點較國軍運輸機少，但是因為降落地點離市區近、交通方便，且搭乘民航機比運輸機舒適，因此多數阿兵哥仍偏愛搭乘「軍包機」。
國防部發言人史順文表示，外島服役國軍每季會獲得「軍包機」來回機票一張，外島駐軍最多的金門（目前約3000人），今年是由遠航得標。遠航表示，除了台灣往返金門軍包機外，也承包台灣與澎湖馬公機場軍包機業務，執飛包括台北、台中與高雄等機場往來馬公機場。
除了「軍包機」，國軍也曾徵用民航機用於演習。2014年9月16日，「同心26號」演習配合「漢光30號演習」實施後備部隊機動部署，國防部徵用遠航MD客機、復興航空班機，在戰機掩護下，搭配空軍C-130運輸機，輸送一個營兵力至澎湖，模擬投入戰場情況。這也是漢光演習首度徵用民航機，將前運納入驗證科目，提升演習整體效能。
▲2014年漢光演習期間，國防部曾徵用遠東航空MD客機運送後備部隊至澎湖。（圖／軍聞社提供）MD系列噴射機雖然飛行速度較螺旋槳客機快、載客量較大，但由於製造商波音公司早已停產相關機型，且起降噪音大、耗油，已不符現代民航需求，加上交通部在去年10月通過《民用航空運輸業管理規則》修正，2020年元旦起不再發給機齡26年以上的客機適航許可，讓高齡機退場。遠航4架MD客機因為機齡超過26年，將在2020年元旦強制退場。
在這4架MD客機除役後，遠航表示，未來半年內將陸續引進3架ATR 72-600螺旋槳客機，不但能補足運能，也希望一掃大眾對遠航飛機老舊的疑慮。
遠航MD噴射客機日後全數汰除，更新為ATR客機後，包括立榮、華信等民航業者也都以ATR 72客機為國內線主力機型，未來國內線天空將呈現ATR滿天飛的盛況。
▲在MD客機除役後，遠航將陸續引進ATR 72-600螺旋槳客機，以補足運能。（圖／記者呂炯昌攝）
▲遠航MD客機退役時程表。（圖／記者呂炯昌攝, ）