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我國元首專機則為編號3701的波音737-800客機。不過，由於我國艱辛的外交環境，元首出訪很少搭乘這架專機，而是向航空公司租用民航機，例如蔡英文總統出訪友邦，就大多是租用華航客機，所以這架行政專機儘管2000年就購入，但是飛行時數卻比其他同時期購入民航機低，很少飛出國，平時停放於松山機場內的空軍指揮部內。僅在2005年陳水扁總統任內出訪帛琉，曾經搭載總統出國過。
這架行政專機也惹出不少政治風波。2005年6月，陳水扁公子陳致中搭乘總統專機到台中提親，引發批評，總統府後來解釋稱總統以外的人非因公務跟隨總統搭乘，都有按規定自付票價；陳致中則回應說，當時並無高鐵，如果總統車隊一路從台北開到台中，長距離的維安會更擾民，因此選擇搭機。
2006年時，空軍還將行政專機由傳統的藍白兩色空軍塗裝，改為機腹淺綠，機身金、紅、藍等色帶，由於近似牙膏包裝，被航空迷笑稱為「牙膏機」。2008年國民黨重新執政後，於2009年利用飛機例行大修的機會，空軍將其改回傳統白底藍邊塗裝。
▲前總統陳水扁的兒子陳致中，曾搭空軍一號去台中提親。（圖／記者葉政勳攝 ）