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至於台胞返台專機上的座位安排，中央流行疫情指揮中心監測指揮官莊人祥表示，若是由台灣派機接台胞回台，會採用前後兩排間隔空位的方式來處理，以避免台胞之間的密切接觸。
中央流行疫情指揮中心表示，針對搭乘專機自武漢回台的台商，將施行嚴格的一人一室隔離檢疫措施。會請返台台商先在機上填寫「旅客入境健康聲明卡」，下機後在入境時將通過機場發燒篩檢站，若有疑似症狀則依規定後送就醫，而無症狀者將依「傳染病防治法第58條」採集中檢疫措施辦理。
指揮中心指出，由於集中檢疫措施涉限制人身自由，需執行提審權利告知程序，依「指定徵用設立檢疫隔離場所及徵調相關人員作業程序與補償辦法」第6條應以書面通知檢疫者相關檢疫措施，並請他們填具「嚴重特殊傳染性肺炎集中檢疫通知書及提審權利告知」（一式三份），完成後由專車送至集中檢疫場所進行14日的健康監測。
指揮中心進一步指出，檢疫場所以「一人一室」為原則，每日需監測2次體溫，如發現發燒、呼吸道症狀或身體不適時，立即依規定後送就醫，場所也會提供口罩等相關防護裝備供檢疫者及工作同仁使用，集中檢疫者不能外出，且活動範圍以檢疫房間為主，因此與附近居民不會有接觸，請民眾放心。
「國人要回台是一定能回台。」陳時中強調，目前已將廣東省、浙江省溫州市列為二級流行地區，將湖北省列為一級流行地區，若有一級流行地區旅遊史，須入院隔離檢查，經兩次檢查確認病毒為陰性才會放行，對於從廣東與浙江返台的旅客一律居家檢疫14日，但並不是禁止國人回來，「國人不能回台是因為大陸方面有封城的關係，不是因為台方禁止台胞返台」。
至於隔離機關的醫療人力，陳時中也表示，指揮中心所提供的人力一定是做好專業準備，選擇的護理人員也會考慮其專業性，提供給隔離機構的人力津貼預算也是無上限；至於台胞搭機相關費用，由於涉及兩岸敏感問題，不便多做表示；而台胞隔離期間，並不需要負擔任何其他費用。
