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總統府指出，為因應防疫必要，總統相關會議的防疫部署，都依照中央流行疫情指揮中心專業指導，從嚴安排；這次，總統府在與中央流行疫情指揮中心討論後，指揮中心研判風險雖然相對較低，但為求慎重，將請醫療團隊更嚴密關注總統的日常健康狀況。
蔡英文三點聲明：
一、防疫視同作戰，國軍的責任是保護國家與國人，更應保持最高度警覺。此次敦睦艦隊集體染疫，造成社會大眾疑慮，總統表示遺憾。國軍除了表達向社會致歉、願承擔應有的責任外，更應該以此為鑑，徹底檢討防疫管理作為。
二、國軍除了應該全力配合指揮中心的疫調之外，國防部調查小組也應該詳細釐清過程，既然已造成防疫缺口，就要坦誠以對，絕不可以再有任何疏漏。這不但攸關國內疫情的管控，也關乎社會對國軍的信任，沒有絲毫鬆懈的空間。
三、所有涉及的國軍人員，必須嚴格遵守疫情指揮中心的指引與規定，做好個人的隔離或健康管理措施，也請軍方和醫療體系全力照顧染疫官兵，務必做好國軍的整體健康與戰力維繫。
