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一是契約擺爛，薪資不透明，根據工會的統計，除了台大、北榮等公立醫院以外，許多間私立醫院的契約上，都將薪資一筆帶過，完全沒寫出詳細金額，甚至提不出薪資計算基準。
二為曲解勞基法，工時反而更長，例如北部某醫學中心就訂出最低工時下限，本來每月只需要工作180幾個小時的二線科、門診科，現在卻必須工作到200小時。另外，也指控彰化基督教醫院，因為「每週至少休息一天」的規定，讓本來週休二日的住院醫師，改成週六還得出勤。
三則是年休假縮水，讓醫師難有充足休息，工會控訴醫院，在9月1日以後，只求不違法，力求人力資源最大化，像是以長庚醫院為例，就將住院醫師的年休由14天砍半成7天。
