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中國官方在 2018 年 9 月傳出下令媒體暫停宣傳、報導有關千人計畫的內容，今年 4 月 18 日，中國境內普遍使用的百度、搜狗等搜索引擎及微博、微信等社交平台，「千人計畫」相關的搜索結果被過濾，微博上只能找到 2018 年以前的零星內容。
網路上流傳一份「千人計畫青年項目評審工作小組」的文件，表示為保障海外人才，指示相關單位不要使用郵件，改採用電話、傳真方式邀請人才參加學術會議、論壇等名義，且通知中不要出現「千人計畫」的字樣。
外界認為，中國降低千人計畫的宣傳，和美國聯邦調查局的介入有很大的關聯。美方認為，中國藉由這項計畫以高薪吸引人才，進而竊取他國智慧財產、重要技術，有危國家安全，並順著名單追查，逮捕了多名大學的教授、中國駐外官員，讓這項「千人計畫」變成了「入獄計畫」。
去年 9 月，中國官員柳忠三在紐澤西被捕，他被認為是中國在美國招募「千人」計畫的代表，任職於中共政府機構「中國國際人才交流協會駐紐約辦事處」，替中國政府雇員偽造大學研究員身份取得美國簽證。
因為這項計畫，智慧財產的議題也成為中美貿易談判中的一大要點，中國對外的宣傳也隨之受到美國注意，美國情報機構認為，這項計畫另一個目的是外宣與統戰。
