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為了經營選區,蕭美琴經常台北、花蓮兩地跑,並在花蓮購屋,蕭美琴有著國際外交長才,利用花蓮服務之餘,兼任亞洲民主自由聯盟主席,代表我國維繫對外關係,回到花蓮,則是換上同款不同色的機能衣,跟著農民上山下海,爭取交通建設、農業設備。2016選戰蕭美琴復仇成功,打敗王廷升,為綠營攻下艱困的花蓮選區。
花蓮民風保守、高齡人口偏多,因此民進黨政策推動包括婚姻平權、年金改革等政策,都對蕭美琴帶來莫大壓力,也屢屢成為對手攻擊目標,但是她多選擇不回應。因支持婚姻平權,2018年民團「花蓮罷免蕭美琴、蔡英文聯盟」發起罷免行動,並完成第一階段連署成案,但蕭美琴仍不改態度,仍舊大方聲援花蓮同志遊行,但罷免案在第二階段連署作業未達門檻。
2020立委選戰,蕭美琴面對國民黨提名的黃啟嘉,以及前花蓮縣長,有「花蓮王」之稱的傅崑萁,傅崑萁最後以64,060票當選立委。蕭美琴落選後則是賣掉花蓮房產,回到台北接任國安會會諮詢委員。
民進黨立委羅致政表示,蕭美琴不論是政治歷練、專業能力、與美方人脈,相信是合適人選,她也與蔡英文總統關係密切,能夠精準向美國傳達蔡總統的意見。民進黨立委陳亭妃表示,蕭美琴有行政、立法與選戰經驗,是過去駐美代表少有的特質,蕭美琴是首位女性駐美代表,也象徵台灣對於女性從政給予更多發揮空間,是一個很好的標榜。