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總統府對此指出，事件爆發後，已會同國安會，對於統整改進特勤指揮系統進行研議，改善特勤人員的管理制度及紀律維持，依照特種勤務條例將事權統一，完善指揮調度體系。
總統府表示，尊重監委對本案的調查與糾正，本案肇因於行之有年的陋習，必須加以興革改正，總統也已指示相關單位，檢討禮遇通關的相關流程，以杜絕類似情形再次發生，而司法機關依法展開對涉案人員的調查與訴追，總統府均全力配合，並對相關人員進行行政懲處與職務調整。而有關監委所提及除涉案人員外違反相關規定購買菸品公務人員之處置，總統府亦同樣尊重司法後續辦理，且會依違失情節為適宜之行政懲處。
另外，財政部已於108年10月3日，公布「國際機場禮遇人員入境行李物品通關作業程序」，此一作業程序，可使禮遇人員入境通關作業程序明確一致，落實禮遇人員行李物品分級通關。根據作業程序，除了正副總統本人及其配偶、或受邀享有「國賓禮遇」來台參訪的外國元首或貴賓、或是涉及國安機敏行李物品可免驗外，其他人員行李與物品均需接受查驗，不再有僥倖循私的空間。
