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2003年12月，美國爆發狂牛症疫情，時任總統陳水扁宣布禁止美國牛肉進口，當時的他在時任台聯立委賴幸媛辦公室工作，提出政府應建立風險評估與管理制度的要求；2007年馬英九上任，將「進口美牛」視為與美國重啟台美貿易暨投資架構協定（TIFA）、簽訂自由貿易協定、赴美免簽證、對台軍售等關鍵利益交換，但民間群起抗議，認為有狂牛症與殘留瘦肉精的風險，蘇偉碩也在爭議開始沒多久後，就與消基會合作，對含有萊劑的肉品提出反對意見。
2009年，台美簽署美牛輸台議定書，開放30月齡小牛絞肉、去除風險物質美牛等產品輸台，時任民進黨主席蔡英文當年出席「反毒牛、反出賣、反欺騙」大遊行，於街頭上強烈表達反對美牛進口立場。
2012年，行政院農委會成立美牛技術諮詢小組，邀請跨領域專家與會研討美牛爭議，蘇偉碩擔任專家諮詢會議代表，對開放美牛輸台表達立場，持續提出國外相關科學證據，強調萊劑確實會危害人體健康，當年身為在野黨的民進黨立法院黨團，就曾邀請蘇偉碩就「萊克多巴胺的健康風險」與立委們上課，且報告完多名立委也給予蘇偉碩高度評價，並佔據立法院議場主席台抗議，要求「零檢出」，但最後馬英九政府依據聯合國食品法典委員會（Codex）標準，訂定美豬美牛殘留量為10ppb，提出「有條件開放」美豬美牛進入台灣市場。
數度為萊劑議題奔走的蘇偉碩，仍堅持萊劑有害，這10年間也不曾間斷，不過隨著蔡英文在今（2020）年8月底宣布要開放含萊克多巴胺的美豬美牛進口後，蘇偉碩不改立場，在公聽會中大力提出更多科學證據，更召開多場記者會，宣達萊劑有毒，是毒品搖頭丸的250倍，在空氣中也可檢出，並有可能造成精神疾病與自閉症，希望衛福部能為國人食品安全把關，拿相關論文去向美方證明，含萊劑的肉品不應讓人體食用。
不過，就在距離開放美豬美牛進口只剩不到一個月時，蘇偉碩收到來自高市警察局的通知書，才發現他被衛福部食藥署告發違反《食品安全衛生管理法》，要求其在12月25日晚間10時到案，並備有含萊劑肉品對人體健康有影響的證明資料。
