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國民黨在9月6日的全代會上，黨主席江啟臣宣布啟動「捍衛台灣豬、萊豬不要來」公投連署，並於12日發動第一階段上街頭連署活動，痛批蔡政府「先斬後奏」，23日公投連署第一階段通過，江啟臣親自帶領國民黨，前往中選會遞交破萬份的連署書。
為了方便民眾分辨與確認其未來食用的豬肉及牛肉來源，衛福部長陳時中點名迪化街為美豬示範區，並於9月17日前往迪化商圈視察商店的豬肉食品標示狀況，而後農委會也宣布「台灣豬證明標章」將自11月起開放業者申請，12月1日試辦統一張貼標章。
在輿論壓力下，教育部、國防部、警政署也相繼宣布，不會在膳食中使用美豬，一律以國產豬為主。
隨著爭議擴大，包括台中在內等11個縣市政府計劃推出「食安自治條例」，要求萊劑要零檢出，農委會主委陳吉仲卻失言講出「若通過台北市牛排館將全關」，引發抨擊，衛福部也對此回應，該條例若牴觸中央法規將宣告無效。
11月10日，國民黨在臉書中貼出約20秒的影片，畫面中看見豬隻不斷顫抖、情緒躁動，被指出是因食用瘦肉精讓豬隻出現副作用，不過事後卻被踢爆使用錯誤來源，遭農委會防檢局依據社會秩序維護法，就散佈「假消息」被移送法辦。
過沒幾日，行政院發言人丁怡銘在行政院院會記者會上，稱今年的台北市牛肉麵節冠軍使用的就是含萊克多巴胺的美牛，引發業者不滿，在臉書上貼出未檢出萊劑的證明，丁怡銘也為此花4萬塊買了共100碗的牛肉麵要賠罪致歉，不過後續又被爆出使用公帳打統編，為了止血，丁怡銘堅持請辭，獲蘇貞昌勉予同意，缺職由行政院秘書長李孟諺暫兼。
而一年一度的秋鬥遊行，包括勞工、環保、食安、土地、言論自由等40多個鬥陣團體，把對進口萊豬為產業帶來的傷害與食品安全的不滿，通通在凱道上發洩出來，國民黨也大動作加入抗議隊伍，邀集民眾穿黑衣上凱道，高喊「反毒豬、反雙標、反黨國」，創下30年來最大規模的秋鬥紀錄，現場共計破5萬人響應。藍營士氣大振，國民黨主席江啟臣當天對蔡英文下戰帖，要求雙方公開進行辯論。
此外，長年關注萊劑議題的醫師蘇偉碩，多次在公開場合宣導萊劑毒性，並堅決反對人體食用，沒想到，他卻在距離開放萊豬不到兩個禮拜前，遭衛福部食藥署告發違反《食安法》，外界群起質疑蔡政府「查水表」，將被警方約談，他也大動作舉行記者會，稱要聲請當年稱萊牛是毒牛的蔡英文擔任證人。風波延燒，警方也在隔幾日後致電給蘇偉碩，要求約談時間改期、檢方會再另行通知。
攸關萊豬及30月齡以上美牛開放的9項行政命令、《食管法》和《學校衛生法》部分條文修正草案，在12月24日在立法院闖關，進行表決大戰，國民黨團23日晚間還為此夜宿立法院，舉行「守護食安晚會」。
而攸關萊豬進口的9項行政命令，包括動物用藥殘留標準、進口牛肉檢疫及查驗作業程序、美國及加拿大牛肉及其產品之進口規定、散裝食品標示規定（2項）、散裝食品標示相關規定廢止案、包裝食品之豬肉及豬可食部位原料之原產地標示規定、直接供應飲食場所供應食品之豬肉及豬可食部位原料之原產地標示規定，以及農防字第1011473960號公告，全數通過，這9項行政命令准予備查後，將在2021年1月1日起施行，美豬美牛確定明年元旦後，就可以進口台灣。
表決馬拉松大戰結束後，風波仍未止息。國民黨團立委齊聚在議場內，高喊「拚公投、顧食安、禁萊豬」口號，嗆聲要力拚50天內完成50萬份公投連署書，並要在明年8月28日以公投推翻萊豬政策。國民黨拉長戰線到明年8月底，這場朝野打了4個月的萊豬大戰，恐怕還要繼續吵下去。
