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而針對時任台北市衛生局長邱淑媞成為爭議焦點之一，柯文哲也直言，現在的北市衛生局長黃世傑給了他很大的幫忙，「醫界還是很講究備份，黃世傑是大教授，去指揮所有醫學中心沒有指揮不動的問題。」柯文哲也語帶玄機表示，「當年邱淑媞哪有可能指揮我們醫學中心的院長？不可能啊！所以這也沒有什麼對錯」。
對於北市防疫，柯文哲也相當自豪，直言「有時候叫後見之明，現在看當年一定不對，以後歷史會記載，幸好當時2020年台北市長是醫生，因為我們還是專業人士，不會太離譜啦。」柯文哲說，「還好，天佑台灣 今天我們是最佳組合。柯文哲、黃世傑、璩大成都是打過SARS的，都有專業概念，平平安安度過就好，去翻舊帳對台灣有什麼好處？」
