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運安會主任委員楊宏智表示，運安會在第一時間知道有死亡狀況，就立刻立案調查，依據運輸事故調查法第6條及重大運輸事故的範圍地2點規定，認定為第一級重大鐵道事故。
運安會強調，初步關切的方向，還是以工程車跟前面七八節車廂、駕駛艙嚴重衝撞去調查，會去了解工程車管理模式，為什麼本來是人車不得入侵、為什麼工程車沒有圍籬保護等，會做完整系統性調查。目前初步看到工程車滑落時，殘骸還是打在空檔。
運安會表示，派了先遣人員分了五趟次過去，發現前面的隧道裡面是最嚴重的（往台東方向車頭位置），現場透過環境攝影、無人機等攝影調查。透過運安會簡報可以發現，現場集電弓也都受損，還有疑似肇事工程車的車門掉落，以及疑似肇事的工程車等。
運安會也從工程車可能滑落軌跡展開調查，針對相關工程公司表示有拉手煞車、也用石頭擋起工程車，對此運安會表示，詳細資料要等調查官團隊回報後才能釐清，有沒有拉手煞車、石頭擋是不是可以接受的方式，這些都是要釐清的問題。運安會強調，目前也已經拿到工程合約，事後會釐清裡面的內容、責任，包含工程公司跟台鐵的作為等。
至於現場列車有沒有煞車？運安會表示，因為兩位司機都不幸罹難，不能知道有沒有煞車，目前只能從其他事證判斷，像是車輛停車處、滑落處、軌道刮痕、扣件、軌枕破壞、列車等。
接下來運安會正查扣1、8車廂的監視畫面，以及ATP、TCMS，並且將客車車廂破壞掃描中，以及客廂車廂建模，甚至運安處也進行列車長、旅客等訪談，希望釐清事實。
