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安全方面，蘇貞昌表示，主要是「有票有位，安全準時到」， 營運管理機制上，台鐵重大新建工程由鐵道局辦理，台鐵只要專注在營運、服務旅客上。今年6月台鐵EMU3000型城際列車到港交車，優先投入宜蘭花東部鐵路營運，安全到位後確保安定，轉型要啟動。
蘇貞昌表示，台鐵不論怎麼轉型，政府會保障台鐵現有員工的薪資、福利、年資不會減損。一定越改越好。未來台鐵要朝企業化轉型，朝國營公司化方向前進，讓台鐵可以用人活、運作活、企業活 、營業活、財務活，台鐵員工對政府有信心，但台鐵員工也要負起責任，專注在鐵路營運跟安全上。
台鐵為整合運功機電橫向聯繫，5月1日起成立北、中、南、東四個地區協調中心，施工安全方面，管理工地安全管理由台鐵負責，包括無人站強化保全、工地進出管制，軌道安全跟施工區管理，5月底前完成，對違反規定廠商要建立訪堵機制。蘇貞昌也說，違反契約者如果不能即時防堵，當憾事發生，再追究契約責任就沒意義，重點是第一時間糾錯，這套機制要確立執行到位，一但違反要重罰就罰，要解約就解約。
台鐵局長杜微報告表示，交通部在安全改革措施部分提出6項措施，(1)204標臨軌工程全面停工檢視；(2)台鐵新建工程原則由鐵道局辦理；(3)北中南東地區成立協調中心；(4)全面檢視及施作邊坡防護、防止異物入侵；(5)強化工地安全管理責任；(6)新城際列車優先投入宜花東服務等六項具體措施。
交通部長王國材今在行政院會後記者會中表示，太魯閣號408車次意外補償將比照之前普悠瑪事故，賠償罹難者家屬一人1570萬，5月起會有說明會。至於意外事故中台鐵督工不足的部分，已經開始行政調查會調查後嚴懲。
