機師工會指出，先前發現機組員長時間陷入無間斷「檢疫－執勤」的循環，有近六成機師出現相較過往嚴重的失眠問題、逾七成機師感受到較過往更大的精神壓力，擔心身心問題會影響飛安。
因此2月26日，第一時間優先行文向指揮中心、衛福部疾管署、交通部、民用航空局、民用航空醫務中心、勞動部、勞動部職業安全衛生署、國家運輸安全調查委員會等相關權責機關如實反應，亦同步向曾於去年機組人員就醫困難問題上協助之范雲、洪申翰委員辦公室，以及中華航空公司、長榮航空公司兩家公司反應。
隨後，3月18日以同樣之內容行文立法院交通委員會、衛環委員會各委員國會辦公室，並於3月26日由工會公開召開記者會，憂心呼籲，並懇請政府正視、協助。
工會表示，過程中，對於第一線機組人員所面臨到的困境與集體身心狀態問題，包括交通部民航局、民用航空醫務中心、中華航空公司、長榮航空公司，乃至於桃園市地方政府，都曾因深刻理解此一問題之嚴重性與迫切性，而先後試圖從各個面向與管道尋求可能協助與改善之道。而後在經過衛福部與指揮中心內部專家團隊完整的評估與判斷後，指揮中心方於4月15日拍板做出相關調整。
工會指出，由於緊縮了航空公司不得在檢疫期間未滿前再次指派機組員執勤，同時增加採檢頻率，因此，正如指揮中心指揮官陳時中部長曾於記者會中，不只一次向社會大眾說明，「縮短檢疫為3天期間不可派飛」的政策，再配合密集篩檢下，減少組員交互感染機率，反而才是能夠及早發現機組人員染疫的關鍵之一。
工會說，此次一連串的感染案例，從1078案開始，即是因為4/15之前5天檢疫期間的再次派飛所導致傳染予同飛組員，正因為後來修正後的檢疫政策，才得以提早確認感染鏈。
工會強調，指揮中心指揮官陳時中部長表示，諾富特旅館內所造成的一連串群聚感染，很大程度上可能才是整個感染鏈的起始源頭，簡言之，是由於諾富特飯店管理上，包括外籍航空公司機組員入境後入住等的問題，才導致入住飯店內檢疫的華航機組員遭到感染，與機組人員檢疫天數多寡事實上並無直接關連，長榮機組員至今並無染疫即可印證。
工會認為，「機組員因為檢疫政策入住檢疫旅館而確診，機組員才是真正的受害者」，後續指揮中心針對機組人員檢疫天數再度調整乃是受到諾富特旅館影響後的善後與補救措施。
最後，工會說，將尊重指揮中心與衛福部之專業判斷與決策外，也呼籲特定媒體、個人勿再以似是而非的錯誤訊息，暗指指揮中心之決策竟非本於專業，試圖打擊指揮中心之專業形象，更呼籲，請外界勿再無端問責、波及協助傳達及提供第一線機組人員現況與困境給予指揮中心之國會議員們。
