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政府將核對登錄之防疫旅宿代碼是否符合交通部觀光局防疫旅宿名單，並判斷是否與異動函或備查函相符，確認無誤後系統將自動帶入資料，包括防疫旅宿名稱、縣市、完整地址等。完成後，雇主需登錄移工其他資料，包括第1、2劑疫苗施打日期及疫苗種類、上傳COVID-19疫苗證明、入境原因、雇主或仲介24小時連絡電話或手機、上傳文件如備查函證明、檢驗機構契約證明、確診醫療保險證明、給付工資切結書等，勞動部將判斷移工疫苗是否完整接種，且第2劑施打是否滿14天（入境時需已滿14天），檢查完畢後即算登錄完成。
雇主待移工完成居家檢疫後，可申請住宿補助。產業移工檢疫期間費用由雇主全額負擔，家庭類及機構看護工則可申請勞動部補助雇主防疫旅宿檢疫費用50%，但每位移工每日不超過新臺幣1,250 元。移工檢疫期間之薪資，則由勞雇自行協議。
需注意的是，移工入境日期第13或14日檢疫期滿前，雇主應安排檢驗機構至移工所在之防疫旅宿進行PCR檢測。雇主可自行與CDC公布之檢驗機構約定安排檢測、委任仲介公司安排，或透過防疫旅館合作之檢驗機構採檢，皆應檢附約定證明文件。若是由防疫旅宿所在地之地方政府安排檢驗機構派員至防疫旅宿進行PCR檢測，則免附相關證明文件。
系統登錄方式為前日中午12時至當日中午11時59分，開放登錄3日（含當日）後30日之移工入境申請，例如2月12日中午12時前可登錄之入境日期為 2月15日至3月11日。
