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台灣蠻野心足生態協會及當地居民潘政忠、葉斯桂等7人擔心三接破壞藻礁生態，訴願要求撤銷許可遭駁，2018年11月間提起行政訴訟。
環團與民眾主張，三接開發基地距「桃園觀新藻礁生態系野生動物保護區」不到5公里，填海造地違法，但原處分卻許可開發，明顯違法，且開發案對氣候變遷的影響考量不足，明顯違反《海岸管理法》等，請求撤銷原處分。
訴訟期間，內政部主張，原處分並無違誤；中油代表庭後受訪則說，尊重環團的主張與立場，強調當初符合法令規定，才取得許可證照。
