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此外，更引進在台灣高鐵、歐美、日本等先進國家及航空界普及的安全管理系統(SMS)及第三方獨立單位(DNV)評鑑，建立安全第一的組織文化與作業習慣，臺鐵將持續改善追求更安全的運輸環境。
但目前台鐵局體制未變革，相關安全管理及改革工作未能徹底落實至基層單位，恐影響安全維護執行效能，這也是目前臺鐵在制度面所面臨的困境，必須透過公司化的組織改革，才能有效發生改變，包括設置安全專責部門，提升直屬層級、進用專業人才等。
而現職人員選擇交通資位制繼續任用，均比照軍公教人員調薪辦理。台鐵局資位制人員適用「交通台灣鐵路管理局職員薪額及專業加給表」，歷年來均配合行政院軍公教人員調薪政策辦理調薪作業。公司成立後，若行政院辦理調薪，台鐵公司資位制人員亦配合調整，另外，台鐵公司化後，公司有盈餘的狀況下，亦得向行政院爭取調薪。
台鐵公司自辦銓敘審定具有法定效力。台鐵公司化後，參照郵政公司、港務公司等交通事業機構改制國營公司之前例，有關銓敘審定事宜由銓敘部授權臺鐵公司辦理銓敘，以加速審查效率，爰資位制人員經公司審定後仍具公務人員身分，不影響既有權益，資位制人員身分不受影響，公司化後仍可轉調行政機關或公立學校。
宿舍部分，台鐵局將營運所需職務宿舍列為「公司持有-作價投資」，即維持職務宿舍現狀，住宿人員毋須搬出。未來台鐵公司薪資制度與福利採雙軌制，選擇原資位制身分任用人員：其薪資、福利仍依原規定辦理。薪資部分，仍依行政院核定之「交通部台灣鐵路管理局職員薪額及專業加給表」等原有關規定支給。而獎金則依交通事業人員考成條例、公務人員考績法等規定支領考成獎金及軍公教人員年終工作獎金發給注意事項，發給考成獎金及年終工作獎金，至多發給2.5個月。另由職工福利委員會，提供各項福利事項。
選擇轉調從業人員者，薪資依台鐵公司從業人員薪給管理要點及從業人員待遇表等規定辦理，由公司衡酌營運績效及用人費用負擔能力調整待遇，員工共同努力營運績效越好，調增空間越大。獎金依交通部所屬實施用人費率事業機構經營績效獎金實施要點、台鐵公司核發經營績效獎金應行注意事項，發給考核獎金及績效獎金，至多發給4.4個月。另由職工福利委員會，提供各項福利事項。
