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COVID-19疫苗與其他藥品一樣，都會具有一些副作用，BioNTech疫苗常見的副作用為注射部位疼痛、疲勞、頭痛、肌肉痛、畏寒、關節痛、發燒和注射部位腫脹。
為確保COVID-19疫苗上市後廣泛臨床使用下國人用藥安全，我國已建立COVID-19疫苗安全資訊主動監控機制，除持續監控國外衛生主管機關發布之COVID-19疫苗安全警訊外，亦設有「疫苗不良事件通報系統(VAERS)」接受各界通報，蒐集、分析及評估我國COVID-19疫苗不良事件，並藉由收集相關安全資訊，監控其安全性，一旦發現具有未知或未預期之風險，立即啟動再評估機制，重新評估其療效與風險並確認是否需採取相關風險管控措施。
接種疫苗者在接種疫苗之後，任何時間所出現任何身體上的不良情況都可以通報為不良事件，但不代表直接與疫苗接種有因果關係，仍需要經過嚴謹的審查才能確立與疫苗的相關性。食藥署文末再次提醒，民眾接獲來源不明的訊息時，應先進行查證，切勿隨意散播、轉傳，以免觸法。（編輯：鍾怡婷）
※【NOWnews 今日新聞】提醒您：
因應新冠肺炎疫情，疾管署持續加強疫情監測與邊境管制措施，國外入境後如有發燒、咳嗽等不適症狀，請撥打「1922」專線，或「0800-001922」，並依指示配戴口罩儘速就醫，同時主動告知醫師旅遊史及接觸史，以利及時診斷及通報。
