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鄭文燦指出，論文事件是一個先寫論文，另一個是先交論文，原始的資料包括民調的數據都是由林智堅提供；論文的架構方面，根據電子郵件，經過第三方的公證，確定論文的架構是由林智堅先寫，也先跟指導教授陳明通討論、修改過，這些都會提供給台大社科院的學術倫理委員會來判斷。
鄭文燦提到，林智堅之前並不認識另一位研究生余正煌，余是因為原本的論文題目被原來的指導教授否決，轉向當時國發所所長陳明通尋求協助，陳明通才把林智堅的民調資料跟論文架構提供給余參考，時序上就是如此，「這個討論不應該淪為口水，也不應該無限上綱否定所有的指導教授，否定學校在職專班的制度」。
對於民調資料的運用，鄭文燦說，一個研究生畢不了業，透過所長去取得民調資料，說實話，這個是要感謝，如果沒有這個民調資料，另外一本論文是完全沒有任何基礎，也絕對寫不出來。
鄭文燦表示，這份民調資料跟研究的方法設計，也確實是陳明通提供給余正煌，這是沒有辦法改變的事實，把這份民調抽掉，余正煌的論文沒有任何基礎，不能夠事情過了之後，前面感謝，後面拆橋，這樣也是違反學術倫理。
