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全案爭點為《祭祀公業條例》第4條第1項後段規定「本條例施行前已存在之祭祀公業……無規約或規約未規定者，派下員為設立人及其男系子孫（含養子）」及同條第2項前段規定「派下員無男系子孫，其女子未出嫁者，得為派下員」是否違憲？
內政部主張，條例並非直接以性別做為分類標準，實質上是排除「未承擔祭祀者」派下權，而非「女性」；台灣民事習慣調查報告也指出，過去女子出嫁後即屬夫宗，對於母家無祭祀義務，而祭祀公業受習慣法上「宗族」影響深遠，如將女性追溯納入派下員，將與出嫁女性隨夫家祭祀、對本家無祭祀義務的傳統習俗，有所扞格。
內政部強調，該條例第4條設立意旨，是把原本具有「習慣法」位階的規範，提升至法律位階；立法者當年已知會有男女不平等、侵害女性子孫對祭祀公業財產權的指責，但一邊是「基本權保障」，一邊是「法安定性」與「法不溯既往」，經過價值權衡，已選擇「施行前」按照既成事實，「施行後」不分男女，屬最小侵害做法，並未違憲。
台北大學法律系副教授官曉薇主張，從行政機關近年來對《祭祀公業條例》的修法過程，足見相關規定明顯違反憲法性別平等的保障，然而長久以來歧視婦女的派下資格認定，不但從習慣變成法律，還透過法律的施行，繼續歧視婦女。
