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合約當中還有一系列被認為明顯存在不公正不合理的問題，例如明文規定，在相關項目中使用的多數鐵路建材都必須從中國進口；用鐵路運營收入購買的任何商品也最好從中國進口，而且肯尼亞政府必須給予這些商品免關稅優惠。另外還規定，執行協議出現任何爭議，必須透過具有約束力的中國仲裁解決，肯亞也不能在沒有融資方同意的情況下，單方面將合約內容透露給任何第三方。
肯亞交通部長Kipchumba Murkomen對外分享的貸款文件顯示，第一筆是中國提供肯亞16億美元貸款，年利率為2%，寬限期為7年，必須在 156個月內償還；另一筆20億美元的商業貸款，具有不同的利率和5年的寬限期，分20期等額支付；第三筆是鐵路二期工程，從首都奈洛比（Nairobi）延伸至小鎮奈瓦沙，貸款金額14.8億美元。這顯示出，中國進出口銀行為該鐵路項目提供的貸款總金額達到50.8億美元。Kipchumba Murkomen表示，這個還款計畫扼殺了肯亞的收入，並呼籲中國將此筆貸款還款期限至50年。
針對肯亞政府公布合約的舉動，《紐約時報》報導指出，「肯亞政府現在的作法可能會使兩國關係緊張。」早前中國外交部非洲司司長吳鵬曾在9月時表示秘密協議是商業行為，「若肯亞將其公諸於眾，就是違約，沒有契約精神，要怎麼做生意？」
長期研究公共財政、國際債務問題的高雄科大金融系教授湯德源接受《自由亞洲電台》訪問時，指出「這根本不是『不平等條約』，而是『附庸條約』。」
湯德源表示，中國複製十九世紀帝國主義作法，找上肯亞、斯里蘭卡等，這樣的「有資源但政治腐敗」的國家，收買其政府官員，然後就藉機開採其礦產、掌握其運輸，配合中共當局對外進行的勢力擴張。但是從合約中看到，這些國家一點好處也沒有。
臺灣國防安全研究院國安所副研究員侍建宇指出，由於沒有外資要進入非洲，因此非洲很難想像規模這麼龐大的外資進入非洲，而這些國家不像西方看重契約的法治精神，他們借錢並未多加考慮自身是否具有還款能力。
《紐約時報》報導指出，這項鐵路建設已經成為「肯亞政治菁英腐敗和貪婪的體現」。魯托在今年8月競選前就曾揭露，肯亞公共債務總額截至今年3月已經達到735億美元，而該國國內生產總值僅為1000億美元。而這次魯托為了兌現其競選時對國民的承諾，才會與中國的合約公諸於世。
