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馬偕學校財團法人目前有2校，包括馬偕醫學院和馬偕醫護管理專科學校，真理大學財團法人則有真理大學1校，但3校都隸屬於基督教長老教會。
教育部表示，行私校法規定有「法人合併」及「學校合併」2種類型。教育部去年12月曾接獲北部台灣基督長老教會洽詢推動馬偕學校財團法人及財團法人真理大學進行「法人合併」之相關法規，但迄今未收到法人合併計畫書或合作意向書。
教育部指出，有關該案2學校法人合併規劃，應依據「財團法人私立學校申請變更組織作業辦法」第7條規定檢具書約表冊相關資料向教育部提出申請；如經教育部審議後許可合併，則存續合併的學校法人應依私立學校法第67條第3項、財團法人私立學校申請變更組織作業辦法第10條及第11條等規定辦理法人變更登記相關事宜。
教育部說，該案2學校法人合併後為1法人多學校（馬偕醫學院、馬偕護理專科學校、真理大學），尚不影響目前所設3所學校各自辦學（包括學制、教師聘任及學生安排）。
若法人合併後擬規劃推動學校合併，則需另依大學法、私立學校法、「專科以上學校及其分校分部專科部技術型高級中等學校部設立變更停辦辦法」及「大專校院合併處理原則」等相關規定辦理。
尤榮輝表示，「私私併」比「公私併」容易很多，也有法源依據，同個宗教系統，更有可能進行合併，同為長老教會體系下的馬偕醫學院、馬偕護校、真理大學先前就傳出可能合併為馬偕大學。
尤榮輝提到，據他所知，真理大學有財務困難，想進行併校，讓馬偕學校財團法人支持真理大學辦學，若併校後，成為一個馬偕大學，即可資源共享，行政系統只有一套，也能節省不少的行政人事經費，但併校有難度，必須3校師生、董事會、教育部同意，程序困難許多，合併法人就比較簡單，先前馬偕醫學院和馬偕護校已合併法人，現在只要馬偕學校財團法人、真理大學財團法人合併即可。
尤榮輝說，合併法人在同一個董事會底下，資源可以互相流通，以強扶弱，避免真理大學落入專案輔導學校的危機，但也有喪失經營權的風險，若真理大學被納專輔學校，該合併法人可能被教育部加派董事、監察人，若被命停辦，合併後的法人會被解散改組，為避免相關風險，他推測，3校之間應該是想先合併法人，再朝合併為一校進行，財務會較穩健。
