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2020年新冠肺炎爆發，指揮中心針對新冠肺炎再度啟動，同年1月23日，行政院將其升為二級開設、2月27日再提升為一級開設，指揮官由時任衛福部長陳時中擔任，而後在2022年7月中旬，交接給時任醫福會執行長、現任的衛福部次長王必勝。
由於疫情趨緩，日本、美國也已規劃COVID-19（2019冠狀病毒疾病）疫情降級，行政院也正在做COVID-19改為第四類、指揮中心降級最後盤點，指揮中心指揮官王必勝今日表示，行政院長陳建仁將於明日出席指揮中心會議，聽取改類、降級解編未來規劃報告。
※【NOWnews 今日新聞】提醒您：
因應新冠肺炎疫情，疾管署持續加強疫情監測與邊境管制措施，國外入境後如有發燒、咳嗽等不適症狀，請撥打「1922」專線，或「0800-001922」，並依指示配戴口罩儘速就醫，同時主動告知醫師旅遊史及接觸史，以利及時診斷及通報。
